Natura 2000 je soustava chráněných území, které vytvářejí na svém území všechny státy Evropské unie. Skládá se z evropsky významných lokalit a ptačích oblastí. V rámci těchto území jsou chráněny druhy živočichů, rostlin a typy přírodních stanovišť, které jsou v evropském měřítku nejvíce ohrožené, významné, nebo se vyskytují jen na určitém území (endemické). Seznam těchto stanovišť a druhů uvádí evropské předpisy, stejně jako pravidla ochrany evropsky významných lokalit a ptačích oblastí. Jednotlivé státy pak tato pravidla musí zakomponovat do své legislativy.
Evropsky významné lokality jsou vyhlašovány pro ochranu 40 druhů rostlin a 65 druhů živočichů a 61 typů přírodních stanovišť a ptačí oblasti pro ochranu celkem 47 druhů ptáků.
Pravidla ochrany těchto území v současné době ukládají České republice zajistit ochranu evropsky významných lokalit vyhlášením těchto ploch za tzv. maloplošná zvláště chráněná území, kterými jsou například přírodní rezervace nebo přírodní památky.